沿革

1953～1990年代

1953年 （昭和28年）	武田薬品工業（株）社長六代武田長兵衞氏は、五代武田長兵衞氏（武田和敬翁）の発意に基づき、1953年、創業170周年の記念事業として、我が国自然科学界の秀れた研究に対し褒賞を贈ることを決め、翌1954年から武田医学賞などの贈呈を実施し、自然科学の助成・振興に地道な努力を重ねた。
1963年	この事業を一層発展させ、さらに科学技術に関係のある研究機関及び研究者に対する奨励金の贈呈ならびに外国人留学者に対する研究の補助を併せて実施するため、武田薬品工業（株）から基金が寄附された。 このようにして武田科学振興財団が設立され、武田医学賞褒賞事業の継承に併せて諸事業を行うに至った。
1964年	外国人留学者の奨学助成事業を開始した。支援第一号として、台湾からの留学者に奨学金を交付した。
1966年	タイからの外国人留学者に対する助成を開始した。
1971年	フィリピンからの外国人留学者に対する助成を開始した。
1972年	韓国からの外国人留学者に対する助成を開始した。
1977年	1977年6月、六代武田長兵衞氏から、国宝3点、重要文化財6点を含む本草医書、東洋学善本、計3,825部が財団に寄贈された。
1978年	財団は、武田薬品工業（株）から1977年11月及び1978年3月の2回にわけて、重要文化財2点を含む本草医書17,325部の寄附を受け、1978年4月28日、杏雨書屋を図書資料館として開設し、資料の永久保存と研究者への利用を図ることにした。
1980年	1980年春、武田彰郎氏（当時武田薬品工業（株）副社長）の遺志により、同社株式1千万株の寄贈を受け財団の財政基盤が一層強化されたので、1980年11月には研究助成の充実と分野拡大ならびに生命科学シンポジウムの開催を決め、西暦偶数年度に実施している。
1981年	中国からの外国人留学者に対する助成を開始した。
1982年	生命科学に関する第一回 国際シンポジウムを開催した。 インドネシアからの外国人留学者に対する助成を開始した。
1983年	それまでのアジア諸国からの外国人留学者に加えて、それら以外の国（GII）からの外国人留学者に対する助成も開始した。
1989年	生命科学研究助成を開始した。
1992年 （平成4年）	1992年春、武田繁子氏（六代武田長兵衞氏夫人）から武田家文書、村上家文書、洗心文庫（追加）、羽田文庫など計4,258部の寄贈を受けた。
1998年	杏雨書屋開館20周年記念シンポジウムを行い、以後、春秋2回の研究会を開始した。 ベトナムからの外国人留学者に対する助成を開始することとした。
1999年	創立35周年を記念し、研究助成事業の一環として新たに報彰基金を設け、高齢化により増加する循環系の疾患を克服するための研究活動を助成する事業を開始した。

2000～2010年代

2001年 （令和3年）	21世紀を迎えるにあたっての記念事業として、「薬科学シンポジウム」を創設し、その第一回を2001年10月に開催、以後西暦奇数年度に「薬科学シンポジウム」を、西暦偶数年度に「生命科学シンポジウム」を開催することとした。
2004年	武田医学賞創設50周年記念行事を東京にて開催し、それを機に、時代の変化に即応した研究を支援する「特定研究助成」と若手研究者を支援する「シンポジウム研究奨励」、高等学校の理科教育を支援する「高等学校理科教育振興奨励」、杏雨書屋所蔵資料の研究を支援する「杏雨書屋研究奨励」を創設し研究助成事業を更に拡充した。
2005年	創設者六代武田長兵衞氏の生誕100年、同氏および武田彰郎氏の逝去25年を記念し、武田記念を冠した研究助成（臨床研究助成、外国人留学生支援助成、生薬学研究助成）を実施し、併せて武田長兵衞生誕100年記念植樹（アンズ）を行った。
2006年	研究機関を対象とした「特定研究助成［Ⅰ］」および研究者を対象とした「特定研究助成［Ⅱ］」を創設した。また本年より研究助成金贈呈式を開始した。
2007年	「武田記念生薬学研究助成」を「薬学系研究奨励」に統合した。また、医学系研究奨励・薬学系研究奨励の被助成者を対象として継続助成を開始した。
2008年	1999年に報彰基金を設定して研究助成を開始した報彰基金事業は、当初計画通り、10年目の2008年度で終了した。代って、研究室立上げ3年未満の医学系研究者を対象に、「武田報彰医学研究助成」を開始した。
2009年	一般研究奨励、報彰基金各プログラムならびに特定研究助成［Ⅱ］に代わり、医学系研究奨励を再編し充実させた。医学・歯学・薬学系を除いた研究者を対象に「生命科学研究奨励」を創設した。
2010年	医学系研究者を対象に将来に向けて夢のある、成功すれば卓越した成果が期待できる研究に対して「ビジョナリーリサーチ助成」を開始した。「生命科学研究奨励」を「ライフサイエンス研究奨励」に改称した。また「中学校理科教育振興奨励」を開始した。 12月、内閣府より公益財団法人に移行認定された。
2011年	東日本大震災の復興支援のため、1億円を寄附した。
2012年	従来の外国人留学助成に加え、医学部医学科を卒業し、基礎医学系大学院博士課程に進学する大学院生に奨学金を支給する事業（医学部博士課程奨学助成）が2011年に内閣府から変更認定され助成を開始した。
2013年	財団設立50周年を機会に、大阪市の十三から道修町にある武田道修町ビル（旧武田本社ビル）に移転した。（9月） 財団設立50 周年記念式典を開催した。（9月） 移転に伴い杏雨書屋常設展示室を開館した。（10月）
2014年	医学系研究奨励のプログラム変更を行い、生活習慣病を廃止（他のプログラムに振りかえ）し、がん領域を新たに設けた。
2019年	海外での研究を希望する若手の医師を対象とした海外研究留学助成を開始した。 ライフサイエンス研究助成の被助成者を対象として継続助成を開始した。

2020年以降

2021年	新型コロナウイルス感染症によるパンデミックの経験から、次のパンデミックに備えるためのハイリスク新興感染症研究助成を開始した。
2023年	第1回外国人留学者の集い（Social Gathering）を大阪（10月）にて開催した。 杏雨書屋研究員制度を開始した。
2025年	「中学校・高等学校理科教育振興助成」に「小学校」を加え、「理科教育振興助成」に変更した。